Les sous-produits animaux (par exemple les animaux morts, les déchets d'abattoir, les restes de repas, les anciennes denrées alimentaires d'origine animale, le lisier, les résidus de fermentation) sont soumis à de nombreuses règles d'hygiène et de santé animale afin de prévenir ou de minimiser les risques pour la santé humaine et animale. Selon le niveau de risque, les sous-produits animaux sont classés en 3 catégories :

• Cat. 1 Matière : niveau de risque le plus élevé, par exemple les animaux atteints d'EST/ESB, les animaux malades, mais aussi les animaux de compagnie morts.
• Cat. 2 Matières : niveau de risque moyen, par ex. animaux de rente morts, lisier
• Cat. 3 Matières : niveau de risque le plus faible, par ex. restes de repas (s'ils ne proviennent pas de moyens de transport internationaux), certains déchets d'abattoirs, anciennes denrées alimentaires d'origine animale.

Selon le niveau de risque, les sous-produits animaux doivent être transformés ou éliminés en conséquence.

Tous les exploitants exerçant des activités liées à la production, au transport, à la manipulation, à la transformation, à l'entreposage, à la mise sur le marché, à la distribution, à l'utilisation ou à l'élimination de sous-produits animaux et de produits dérivés doivent le notifier à l'autorité compétente avant le début de l'activité en vue de l'enregistrement réglementaire. La notification doit être effectuée auprès de l'office vétérinaire et de contrôle des denrées alimentaires territorialement compétent.

Les usines ou établissements exerçant certaines activités (usines de transformation, incinération de déchets, coïncinération de déchets, utilisation comme combustible, usines de production de biogaz, usines de compostage, production d'engrais organiques, établissements de traitement intermédiaire, fabricants d'aliments pour animaux de compagnie, établissements d'entreposage de sous-produits animaux et établissements d'entreposage de produits dérivés) doivent obtenir un agrément. L'agrément doit être demandé séparément.

Des dérogations sont nécessaires pour certaines autres utilisations des sous-produits animaux.